Системы органического мира могут быть естественными и искусственными. Естественные системы существуют независимо от критериев, предложенных исследователями, и отражают эволюционные связи между организмами. Такие системы называют филогенетическими.

Искусственные системы создают для того, чтобы наикратчайшим путем описать и систематизировать биологическое разнообразие. Поскольку человек более 80 % информации получает с помощью зрения, кратчайший путь изучения биоразнообразия состоит в описании морфологии членов биоценоза и их группировке на основании морфологического сходства.

Сравнительная морфология сыграла решающую роль в классификации высших эукариот, причем выдающиеся классификаторы, начиная с К.Линнея, среди комплекса признаков нашли такие, которые позволили создать стройные системы растений и животных, близкие к естественным (таксономически значимые признаки). В классификации растений таковой является морфология структур, связанных с размножением (спороносцев и спор, цветков и семян).

Однако системы многих групп низших растений, основанные только на морфологических признаках, оказались искусственными. Такие системы не отражают генетические связи между отдельными таксонами и выполняют лишь служебные функции описания биоразнообразия. Это вызвано тремя причинами.

Тело большинства грибов представлено мицелием, имеющим вид разветвленных нитей, и изучение морфологии мицелия дает возможность сделать лишь заключения о том, что большинство грибов из класса Zygomycetes (но не все) имеет мицелий без перегородок, а грибы из классов Ascomycetes и Basidiomyce-tes — с перегородками, причем у многих (но не у всех) видов последнего класса в каждой клетке над перегородкой имеется вырост — пряжка.
Параллелизм морфологической эволюции в разных, филогенетически отдаленных группах низших организмов. Например, одноклеточная неподвижная зеленая водоросль, способная только к бесполому размножению, получила название Chlorella. Филогенетический анализ показал, что водоросли типа Chlorella встречаются в разных классах зеленых водорослей — Chlorophyceae и Trebouxiophyceae. Одинаковые формы водорослей — коккоидные (одноклеточные и колониальные неподвижные), нитчатые и пластинчатые — встречаются в разных классах зеленых водорослей и даже в разных отделах.

То же самое наблюдается и у грибов. Дрожжевые клетки, утратившие половой процесс и размножающиеся только почкованием, относят к роду Candida. однако филогенетически они могут принадлежать к разным классам грибов — сумчатым и базидиальным. В трех филогенетических различных классах Chytridiomycetes, Hiphochytriomycetes и Oomycetes — наблюдается параллелизм в строении талломов, вызванный паразитическим образом жизни.

Так, очень сходны мопокарпические (распадающиеся на зооспоры) талломы у родов Olpidium, Anisolpidium и Olpidiopsis, относящихся соответственно к трем вышеназванным классам. Один и тот же морфологический тип бесполого размножения могут иметь виды грибов, относящиеся к разным порядкам и даже классам. А поскольку у многих видов есть тенденция к утрате полового процесса, их можно классифицировать только по морфологии бесполых структур. В результате этого в один род помещают виды из разных порядков сумчатых грибов. Даже классификация грибов по половым структурам не всегда позволяет создать естественные системы. Например, базидиомицеты с открытыми плодовыми телами относят к группе гименомицетов, а с замкнутыми — к гастеромицетам. Филогенетический анализ показал необходимость их объединения, вследствие чего в некоторые порядки входят как гимено-, так и гастеромицеты.